Molkwerum ligt letterlijk op steenworp afstand van het IJsselmeer, exact tussen Stavoren en Hindeloopen.
Bereikbaar vanuit het Westen (Afsluitdijk) en Oosten via de A7 (N359 vanaf Bolsward). Vanuit het Zuiden via A6 (N359 vanaf Lemmer). 
Bij Koudum de N359 verlaten, vandaar is het nog 3 km naar Molkwerum.